一、两个有往来的公司合并要怎么处理

两个有往来的公司在合并的，应当由合并各方签订合并协议，并编制资产负债表及财产清单，通知债权人，合并各方的债权、债务，应当由合并后存续的公司或者新设的公司承继。

《中华人民共和国公司法》

第一百七十三条 公司合并，应当由合并各方签订合并协议，并编制资产负债表及财产清单。公司应当自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，可以要求公司清偿债务或者提供相应的担保。

第一百七十四条 公司合并时，合并各方的债权、债务，应当由合并后存续的公司或者新设的公司承继。

二、公司合并可以采取的方式有哪些

公司的合并可分为吸收合并和新设合并两种形式。

1.吸收合并又称存续合并，它是指通过将一个或一个以上的公司并入另一个公司的方式而进行公司合并的一种法律行为。并入的公司解散，其法人资格消失。接受合并的公司继续存在，并办理变更登记手续。

2.新设合并是指两个或两个以上的公司以消灭各自的法人资格为前提而合并组成一个公司的法律行为。其合并结果，原有公司的法人资格均告消灭。新组建公司办理设立登记手续取得法人资格。

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