A.1，000万元垫资应按工程欠款处理

B.有权要求甲公司支付1，000万元垫资自7月1日起的利息

C.有权要求甲公司支付1亿元

D.有权要求甲公司支付1亿元自7月1日起的利息

【正确答案】ABCD

【答案解析】选项A正确。《建设工程施工合同纠纷解释》第六条第二款规定，当事人对垫资没有约定的，按照工程欠款处理。本题中，甲公司与乙公司未对垫资进行约定，因此，应按照工程欠款处理。

选项C正确。《建设工程施工合同解释》第二十一条规定，当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的依据。据此可知，甲公司与乙公司之间应按照一亿元结算工程价款。

选项B.D正确。《建设工程施工合同纠纷解释》第十七条规定，当事人对欠付工程价款利息计付标准有约定的，按照约定处理；没有约定的，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计息。据此可知，乙公司有权要求甲公司按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计息支付工程欠款利息。另外，该法第十八条第（一）项规定，利息从应付工程价款之日计付。当事人对付款时间没有约定或者约定不明的，建设工程已实际交付的，应付款时间为交付之日。据此可知，乙公司有权要求甲公司支付1，000万元垫资（按工程欠款处理）自7月1日起的利息及1亿元（工程欠款）自7月1日起的利息。