A.甲公司负责签订货物运输合同并支付运费

B.甲、乙公司的风险承担以货物在装运港越过船舷为界

C.如该批设备因未按照同类货物通用方式包装造成损失，应由甲公司承担责任

D.如该批设备侵犯了第三方在中国的专利权，甲公司对乙公司不承担责任

【正确答案】C

【答案解析】本题考核贸易术语FOB及《联合国国际货物销售合同公约》关于卖方义务的规定。

选项A错误。FOB术语下，货物的运输应由买方负责，即由中国的乙公司负责支付运费。

选项B错误。FOB术语下，卖方承担装运港船上完成交货前货物灭失或损坏的一切风险。

选项C正确。根据《联合国国际货物销售合同公约》关于卖方义务的规定，货物应按照同类货物通用的方式装箱或包装，如果没有此种通用方式，则按照足以保全和保护货物的方式装箱包装。

选项D错误。如果该批设备侵犯了第三方在中国的专利权，除非其不明知，否则是要承担责任的。